Stephan Lohse studierte Schauspiel am Max-Reinhardt-Seminar in Wien. Es folgten Engagements als Ensemblemitglied am Thalia-Theater in Hamburg und am Schauspielhaus Wien. Anschließend war er freischaffend als Schauspieler und Regisseur in Weimar und Berlin tätig, arbeitete unter anderem für die Schaubühne am Lehniner Platz und das Landestheater Tübingen. Es folgten Zusammenarbeiten mit Regisseuren wie J. Flimm, D. Karasek, R. Wilson, D. Gotscheff, A. Breth und J. Steckel u.a. 2008 erfolgte die Nennung bei der Kritikerumfrage in Theater Heute in der Kategorie Schauspieler des Jahres.